人類は太古より、異形の存在との戦いを繰り広げていた。 その戦いの中で常に先頭に立っていたのは、 魔法力を持つ「ウィッチ」と呼ばれる10代の少女たち。 異形の存在の侵略から、故国を、人々を守るため、 魔法力を増大し飛行を可能とする新たな魔法の箒=「ストライカーユニット」を身にまとい、 ウィッチたちは、戦いに挑んでいた。 ―――そして、ときは1945年。 ガリア、ロマーニャを異形の存在「ネウロイ」の脅威から救った第501統合戦闘航空団、 通称「ストライクウィッチーズ」は、役目を終えて解散し、ウィッチたちは各地へと飛び立った。 メンバーのひとり、宮藤芳佳は、 ロマーニャでの戦いでウィッチとしての魔法力を失うも、 人々を救うため、故郷の扶桑で医者をめざして勉強に励んでいた。 その芳佳のもとに、ひとりのウィッチが訪れる。 ウィッチの名は、服部静夏。 扶桑海軍士官候補生の制服に身を包んだ服部は、 宮藤に欧州留学の辞令が下ったこと、その随行として同行することを伝えにきたのだ。 医学の最先端を誇る国で、新しい医学を学ぶことができる――― 目を輝かせる宮藤は、欧州留学を決意する。 ときを同じくして、欧州ではネウロイに不穏な動きが現れ始め、 各地のウィッチたちが警戒を強めていた。 横須賀から欧州への旅路につく、宮藤と服部。 はたして、その行く先には―――?
ネウロイの巣を破壊した戦いで魔法力を失った宮藤芳佳。501部隊が解散した後、彼女は故郷の扶桑へ戻り、久しぶりに平穏な日々を送っていたが、かつての上官だった坂本たちの計らいで欧州の医学校へ留学する事になる。海軍兵学校で坂本の生徒だった服部静夏と一緒に再び欧州へ向かう宮藤。一方、かつての501部隊の隊員たちも各地に散り、それぞれの生活を送っていたが、宮藤の再渡欧や新たなネウロイの兆候をキッカケに、再び集まり始める。そんな時、欧州を旅する宮藤と静夏の前に、強大なネウロイが出現、宮藤はかつてない最大の危機に陥ってしまう。元501部隊の仲間たちは、無事に宮藤たちを救い出す事ができるだろうか──!?