メカゴジラがゴジラに敗れてから1年後、国連G対策センターではゴジラ対策として2つのプロジェクトが進行していた。「Mプロジェクト」と、「Tプロジェクト」である。 南太平洋に浮かぶバース島では、ゴジラ打倒に執念を燃やすGフォースのはみだし隊員である結城晃が、ベビーゴジラの成長した姿であるリトルゴジラに懐かれつつも、ゴジラを倒すためのさまざまな罠を地道に準備していた。Tプロジェクトを支援するためにバース島を訪れた新城功二と佐藤清志は、島の中央に林立している奇妙な結晶体群を発見する。一方、サイキックセンター主任の三枝未希は、フェアリーモスラに化身した小美人コスモスから不吉なメッセージを受け取る。 Gフォースが新兵器MOGERAの完成に沸き立っている頃、宇宙の彼方からは地球へ巨大な宇宙怪獣が凄まじい速度で接近していた。その正体は、かつて宇宙へ飛散したG細胞から生まれた宇宙怪獣スペースゴジラだった。未希も到着したバース島ではTプロジェクトが開始されたが、原因不明のアクシデントにより失敗に終わる。 迎撃に出たMOGERAを難なく破ってバース島に降り立ったスペースゴジラは、ゴジラを圧倒して結晶体にリトルを幽閉すると、日本各地を襲撃して福岡に上陸する。そんな折、Tプロジェクトの責任者でありながら裏でマフィア組織と結託していた大久保博士の手引きで未希が拉致されてしまう。日本に戻った新城たちはマフィア組織を一網打尽にし、未希を救出する。まもなく、改修・強化されてスペースゴジラ迎撃に出撃したMOGERAと、鹿児島湾からの上陸を経て九州を北上してきたゴジラの三者が、福岡で対峙する。
Gigan crashes near Mount Fuji and goes on a rampage, easily destroying the JSDF fighter jets sent to stop him. Godzilla appears to challenge him, equally unfazed by the military's attacks, and they battle in a city. As four more Gigans arrive, Godzilla unleashes his atomic breath. G vs. G is a 2019 short Godzilla fan film directed by Takuya Uenishi and submitted to the GEMSTONE Godzilla contest. It was uploaded to the GEMSTONE YouTube channel on March 20, 2019, and became one of the six prize-winners, a group which included Godziban. As part of his winnings, Uenishi was given the opportunity to create a Toho-backed sequel, entitled Godzilla vs. Gigan Rex.
1985年、ゴジラ襲撃から一夜明けた新宿では、自衛隊が廃墟内の残留放射能検査やスーパーXの回収をすすめる一方、ゴジラの体の破片を回収する作業が行なわれていた。その最中、米国のバイオメジャーもG細胞の採取に成功、自衛隊に発見され銃撃戦となる。辛くも逃げ切った彼らだが、サラジア共和国のサラジア・シークレット・サービス工作員のSSS9によって全員射殺されG細胞も彼の手に渡る。サラジア共和国に運ばれたG細胞は、白神博士の研究室で小麦などの作物と融合させ、砂漠でも育つ植物を生む実験に使用されていた。しかし、G細胞争奪戦に敗れたバイオメジャーの策略で研究室は爆破され、白神博士はG細胞と共に最愛の娘・英理加を失う。 それから5年後、三原山内において再び活動を開始したゴジラに備え、国土庁はゴジラの体内の核物質を食べるバクテリアを利用した抗核エネルギーバクテリア (ANEB) の必要性を強く認識したが、科学者の桐島は、それが核兵器を無力化する兵器にもなり、世界の軍事バランスを崩す引き金になるのではという危惧を抱いていた。しかし、日に日に活動を活発化させるゴジラに対抗し得るものとして、自衛隊の黒木特佐はその開発のために白神博士の協力を仰ぐ。一度は断った白神だが、G細胞を1週間借り受けることを条件にANEB開発への協力を承諾する。 数日後、芦ノ湖に巨大なバラのような姿の怪獣が現れる。それは白神が娘の遺伝子を融合させたバラの命を救うために組み込んだG細胞の影響によって急激な異常進化を遂げた怪獣ビオランテであった。 同じ頃、バイオメジャーによる、ANEBの引渡しを求める脅迫文が首相官邸に届く。応じぬ場合は三原山を爆破させゴジラを復活させるというその内容に、桐島と自衛官の権藤は引渡しに応じるが、SSS9によりANEBは奪われ、さらに爆破された三原山からはゴジラが復活してしまう。 ゴジラは浦賀水道で護衛艦やスーパーX2と交戦し、これを撃退。続いて小田原へ上陸し、芦ノ湖でビオランテと対決する。ビオランテのさまざまな攻撃に苦しむゴジラだったが、放射能熱線によってビオランテを倒し、駿河湾へ消える。 対G作戦の指揮を任された黒木は、その後ゴジラがエネルギー補給のために若狭湾の原発群へ向かうと予想。最短経路の名古屋を通るとして伊勢湾に戦力を集結させるが、予想に反してゴジラは紀伊水道から大阪に向かっていた。裏をかかれた黒木はスーパーX2のみを大阪に、残りの戦力を若狭湾へ向かわせてゴジラを迎え撃つ作戦へ変更する。 一方、桐島と権藤はサラジアのアジトが大阪にあることを知り、ANEB奪回に向かう。刻一刻とゴジラの上陸が迫る中、奪回に成功した権藤はそのままANEBをゴジラに撃ち込む準備へと入った。そしてゴジラはついに大阪市に上陸する。 スーパーX2と権藤という大きな代償を払いながらも、ANEBの撃ち込みは成功するが、14時間近くを経過してもその効果は現れず、ゴジラは若狭湾を目指す。桐島の「ゴジラの体温が低いためにANEBの活性化が抑えられているのではないか」という仮説を受けて、黒木は若狭にサンダーコントロールシステムを設置し、人為的な落雷によってゴジラの体温を上げる作戦を立案する。 作戦のさなかでようやくANEBは効力を発揮し始めるが、ゴジラの進行は止まらない。高浜原発に緊急態勢が発令され緊張が高まる中、ゴジラの前に成長し更なる進化を遂げたビオランテが出現した。
ゴジラとMOGERAが共闘したスペースゴジラとの戦いから1年後、バース島が消滅し、ゴジラとリトルゴジラが姿を消した。その1ヶ月後、香港に全身を燃えるように発光させたゴジラが出現し、赤い熱線を吐きながら香港の町を蹂躙していった。バース島消滅は、その地下の高純度の天然ウランが熱水に反応した結果の爆発であり、その影響を受け体内炉心の核エネルギー反応が不安定になったゴジラは、いつ核爆発を起こしてもおかしくない状態であった。 同じ頃、青海トンネルの工事現場で工事用パイプが溶解するトラブルが相次いで発生。しながわ水族館では魚が突然水に食われるかのように白骨化する怪事件が起きる。その原因は、かつてオキシジェン・デストロイヤーを使用してゴジラを抹殺した際、海底に眠っていた古生代の微小生命体が無酸素環境下で復活し、異常進化を遂げた恐るべき生物・デストロイアであった。デストロイアは急速に巨大化し、人間大の大きさとなって臨海副都心で警視庁の特殊部隊と交戦、さらには自衛隊の攻撃に対して集合・合体し、40メートルの成長体と化して破壊の限りを尽くす。 そんな折、御前崎沖にゴジラに酷似した怪獣が出現した。それは行方不明となっていたリトルゴジラが、天然ウランの影響を受け急成長したゴジラジュニアであった。バース島を失ったジュニアは、自らの故郷であるアドノア島へ帰ろうとしていたのだった。 ゴジラは四国電力・伊方原子力発電所に向かうが、寸前でゴジラ迎撃の為出撃したスーパーXIIIの放ったカドミウム弾により体内の核分裂が制御され始めた。これにより核爆発の危機は回避されたが、体内炉心の温度上昇には歯止めが掛からず、メルトダウン寸前の状態となっていた。もはやゴジラを抹殺できるのは、オキシジェン・デストロイヤー=デストロイアしかいない。ゴジラとデストロイアを戦わせるため、ゴジラジュニアを囮としてデストロイアに向かわせる作戦が提案される。臨海副都心、羽田空港を舞台に、ゴジラの最終決戦が始まろうとしていた。
1992年、留まることのないゴジラ被害に対応すべく、国連はG対策センター(U.N.G.C.C: United Nations Godziila Countermeasure Center)、および対ゴジラ部隊Gフォース(G-FORCE)を筑波に設置した。G対策センターは海底からメカキングギドラを引き揚げ、23世紀のテクノロジーを解明、分析。そこから得られた技術を元に究極の対ゴジラ兵器メカゴジラが完成した。 折しもベーリング海のアドノア島で翼竜の化石が見つかり、国立生命科学研究所の古生物学者である大前裕史を中心とした調査隊が出向。そこには翼竜の巣があり、孵化した後の卵の殻と孵化していない卵があった。調査隊は卵をヘリコプターの中に持ち込み分析していたが、巨大な翼竜・ラドンが姿を現す。逃げ惑う調査員たちに追い討ちをかけるかのごとく今度は海からゴジラが姿を現し、ラドンと戦い始める。調査員たちは卵と共に辛くも島を脱出、持ち帰った卵を京都の国立生命科学研究所に持ち込んだ。 無類の翼竜マニアのGフォース隊員・青木一馬は国立生命科学研究所を訪ねるが、そこで卵を観察していた研究員・五条梓に追い返されてしまう。だが、その際に悪戯心から研究室から持ち帰った植物から、三枝未希が奇妙な波動を感じとる。精神開発センターで調査した結果、植物から音楽樣のテレパシー波が発信されていることが判明。さらに、その再現されたメロディが国立生命科学研究所で再生されると同時に、卵が突如孵化を始める。卵からは翼竜ではなく、ゴジラザウルスの幼獣であるベビーゴジラが誕生。この卵はゴジラザウルスのものであり、翼竜の巣に托卵されていたのである。 その直後、同族であるベビーゴジラを探すために、ゴジラが四日市市に上陸する。Gフォースはメカゴジラの出撃命令を下し、鈴鹿山中で両者は激突。メカゴジラの猛攻によりゴジラは圧倒されあと一歩のところまで追い詰められるが、突如メカゴジラの機関室にトラブルが発生し機能停止に陥ったことで形勢が逆転。メカゴジラやGフォースの防衛線を突破したゴジラはそのままベビーのいる京都に進撃し国立生命科学研究所を襲うが、地下の細胞保存室に移されていたベビーゴジラを感知することは出来ず、諦めて大阪湾へ去った。 ゴジラがベビーゴジラを求めていることを察したGフォースは、梓たちの反対を押し切り、ベビーを囮にしてゴジラをおびき出す作戦に出る。そしてベビーは梓の付き添いのもと、空輸コンテナで運ばれるが、時を同じくして復活したファイヤーラドンが飛来し、ベビーゴジラと梓の入ったコンテナを奪取して千葉の幕張へ降り立つ。駆け付けたガルーダや修復が完了したメカゴジラによりラドンは撃退されるが、そこに同族であるベビーゴジラを保護するためにゴジラが出現。再び両者は幕張の地で激闘を開始する。