前作の続編だが、下記の再編集劇場版の続きという位置付けのためストーリーは力石との対戦後から始まり、カーロス戦までは事実上のリメイクとなっている。ただし原作やアニメ前作にあった矢吹丈がドサ回りのボクサーになり、そこからはい上がるストーリーは省略されている。また原作にないオリジナルストーリーがふんだんに盛り込まれ、オリジナルキャラクター(須賀清など)も多数登場させている。原作が完結して何年もたってから整理しての制作なので、矛盾点もクリアされており、登場人物の心理表現も丁寧に描かれている。特に終盤のテレビ関東による世界バンタム級1位のレオン・スマイリーとのマッチメイクや、WBA王者カロルド・ゴメスとWBC王者ホセによる王座統一戦のくだりなどは、よりリアルにプロボクシングの世界を描きたいという意図[5]からの追加で、オリジナルの部分からは主に監督である出﨑統が「あしたのジョー」という作品世界をどう解釈しているか、がうかがえる。ほとんどの話数で絵コンテを担当しているさきまくらは出崎統の別名義である。なおサブタイトルには第4話と第33話を除く残りすべてに「…」が挿入されている。
东京,时为昭和40年代。矢吹丈本来过着漫无目的的生活,却被丹下段平发现了他的拳击天分,然而却因为某些问题被送进了监狱。在那里,命运让他遇上了专业拳击手力石彻。丈一边从段平的来信上学习着拳击,一边在狱中和力石比赛,各擅胜场。出狱之后,两人也在各自的专业分级中成长着。后来,力石希望在世界拳王赛前与丈再对战一次。他们的热诚感动了体育馆主白木叶子,于是实现了这场对决。
1890年のアメリカ。 総距離約4,000マイル、賞金総額5,000万ドル、 人類史上初の乗馬による北米大陸横断レース 「スティール・ボール・ラン」が 開催されようとしていた。 かつて天才騎手と呼ばれながらも、 半身不随となり、失意の中にいた ジョニィ・ジョースター。 彼はこのレースで優勝を目論む謎のアウトロー、 ジャイロ・ツェペリが引き起こした 不思議な現象に希望を見出し、 「スティール・ボール・ラン」への参加を決意する。 二人はそれぞれの思惑を胸に協力関係を結び、過酷な冒険へと踏み出す。