时代位于距现在稍远的未来。太阳系被未知的敌人盯上,土星和火星接连被建造了迷之设施。而在判断出地球也处于危险境地之后,超级巨大企业“克洛诺斯财团(KHRONOS)”代替国家为守护地球而召集全世界英雄的子孙,以打倒宇宙外生命体为目的而建立了克洛诺斯学园。为对抗敌人压倒性的科学力量,英雄的后代们身着“GEAR”的战斗服装与特殊生体兵器融合的“KHRONOS GEAR”投身战斗。「坂本龙马」「宫本武藏」「拿破仑」「圣女贞德」等历史的英雄们的后代,集结于这个学园!
平穏な日常が戻った主人公・大門カイトと仲間たち。 そんなある朝、√学園の入口が封鎖されているのを見たカイトは、ひとり学園の中へ。 ……待ち受けていたのは、巨大なパズルと、親しげに語りかける謎の少年だった。 「ようこそ、裁きのパズルへ!」 新たな敵は、「オルペウス・オーダー」を名乗る5人の少年少女。 組織の目的のため、また自分たちこそが「真のファイ・ブレイン」であるという資格を示すため、√学園の生徒をギヴァーに仕立ててカイトにパズル・バトルを仕掛け、さらにギャモンたちも巻き込んだチーム対戦パズルを挑んでくる。 これまで以上に厳しく激しい、カイトの新たな戦いが始まる……。
辽阔的大海之上,伫立着一个生存着各种怪物的小岛。两百年前他们曾经和人类同处一地,但胆怯的人类害怕这群怪模怪样的邻居,因此针对怪物发动了一场血腥残酷的驱逐战,赤鬼纳基(香取慎吾 配音)和青鬼君乔(山寺宏一 配音)这对好朋友的妈妈便在当年那场祸事中丧生。某天,人类小孩竹市和弟弟小竹(新堂结菜 配音)为了采到帮母亲治病的蘑菇登上怪物岛,阴差阳错之际小竹被意外流了下来。按照长老的安排,纳基和君乔担当起照顾小家伙的重任。可是母亲死亡的情景历历在目,纳基对小竹充满敌意。不过在接下来的日子里,小竹调皮天真的模样渐渐融化了纳基他们业已冰冷的心…… 本片根据被称为“日本安徒生”的儿童文学作家浜田广介的作品《哭泣的赤鬼(泣いた赤鬼)》改编。