故事讲述忍者 Kamui为了逃避自己的血腥过往,脱离忍者组织,隐姓埋名地生活着。然而由于他背叛了忍者古老的信条,一天夜晚,他的家人被前组织的暗杀者残忍杀害。为了给亲人复仇,Kamui重新化身为从前的自己。然而,二十一世纪的忍者是一个时代错误,因为他们要以残酷而古老的技巧对抗高科技武器。Kamui要面对训练有素的刺客、战斗机器人以及其它强大的忍者,来推翻他的前组织。
津崎青叶是个美丽开朗的女孩,在奶奶去世后的一天突然被神秘人士绑架,带到了南美洲委内瑞拉的一个叫做安贝尔的组织里,并成为了一种叫做“人机”的巨型作战兵器的驾驶员。与她成为好友的黄坂蕾也成为另一人机的驾驶员。此后所出现的一个被称为“虚无”的组织利用人机来攻击各个国家,造成整个城镇消失的 “lost life现象”。安贝尔则在世界各地寻找能够驾驶人机的驾驶员与之对抗。 在三年之后的日本,失去了三年前记忆的少女=柊赤绪为了守护而搭乘人机,成为“虚无”的对抗者。她成为整个事件的关键,赤绪的记忆逐渐恢复,却因为熙芭(shiva)出现陷入了更大的危机…… 而青叶,即将归来。
DVD全巻購入特典としてすももと琴子が活躍するOVA「ちびっツ」も作られた。
侥幸逃脱的滨户良的宠物鼠斯普林特意外的与另外四只乌龟在纽约下水道沾染上了由阿特姆所制作的变异液体,变成了接近人形的变异生物,也就诞生了新一代的忍者神龟,斯普林特开始训练这些乌龟们滨户良留下的忍者功夫和知识,希望有朝一日能为自己的主人复仇。2003年的某一天,已经长大并初露锋芒的忍者神龟们终于遇到了他们的宿敌,施莱德试图拉拢神龟之一的李奥纳多为自己服务,但是惨遭失败,露出邪恶本性的阿特姆施莱德与神龟们开始了第一战,最后在斯普林特出手帮助下众人合力将其击退。过了一段日子,施莱德展开了复仇,并将李奥打成重伤,在朋友帮助下逃过,休养生息后神龟们返回纽约与施莱德展开第二次较量,最终施莱德被李奥用腾古之剑砍下脑袋,但是我们知道这只是他的机器外壳,而神龟们的代价则是失去了他们的父亲:斯普林特的踪迹……为了寻找失踪的父亲,神龟们结识了阿特姆流亡者一族并且了解了他们的历史,但是就在这时,施莱德再度出现了,一番大战后,施莱德露出了他的真面目,眼见阿特姆一族利用传送门逃离地球,千年的复仇计划毁于一旦,施莱德气急败坏的要与神龟们同归于尽,而最终神龟们利用传送门逃生,施莱德则在一片爆炸声中消失了踪迹……