西历5012年。 突向地球飞来的<外星人>与其制造的<机械生命体>, 让人类身陷灭绝的危机。为了夺回地球, <人造人>的士兵反攻作战开始。 但是,在无限增殖的<机械生命体>的面前,战争陷入胶着。 人类派出最终兵器,新型人造人<寄叶>部队前往地球。 刚被派往新地球的<2B>与先行调查员<9S>会合,共同执行任务, 在执行任务期间,他们遭遇数个不可思议的现象…… 这是为人类而战,<人造人>们的故事——。
“9·11”以后,经历了与恐怖分子战争的各发达国家,选择牺牲个人自由空间而建立起严格的管理体制,以此与恐怖袭击对抗,恐怖活动被扫荡一空。另一方面,欠发达国家发生内战和大规模屠杀的数量急剧增强,世界渐渐被一分而二。克拉维斯大尉率领的军事情报特殊搜索群i分队是唯一负责暗杀的特种部队。为了维系战斗时的心理状态,他们接受了“感情适应调整”、“痛感屏蔽”等医疗措施,更可以在瞬间读懂暗杀对象的心理活动并做出应对。作为精锐部队,他和部下从事暗杀在世界各地引起纷争的祸首的任务。这时,有一个叫约翰·保罗的人出现在暗杀名单中。这个神秘的语言学者造访过的国家必然出现将陷入混乱的兆头,半年内一定会发生内战和虐杀。而约翰行踪不定,看起像是在世界各地传播虐杀的种子。克拉维斯等人开始在人们最后看到约翰的布拉格展开调查,试图从与约翰接触过的其前学生露西娅身上打开突破口。克拉维斯向露西娅询问关于约翰的情况时,被她的魅力深深吸引。而在与约翰正面对峙的瞬间,克拉维斯了解了有关“引发屠杀的器官”的真相。
故事的舞台设立在一个架空的星球——元星(birthigin)。在这颗年轻的星球上,人类对未知的憧憬从来不会随着理性或者恐惧而止步,在一次次的进化与变革中,人类不断挑战造物主的行为终于导致了矛盾的激化。为各自理想而争斗的人们,以信仰代替笔墨,将和平时代划上句点的同时也点燃了星球的怒火,导致紫雾危机(purple fog)爆发。在人类面临生存危机的时刻,精英阶层所开展的n.s.p.计划却一度受挫,直到在“纳米核心(nanocore)”的介入下迎来“他”的诞生。这个本该是被精英阶层看做人类兵器未来进化方向的存在,却挣脱了自己命运的枷锁,来到一片失去信仰的土地上。“他”在成长中做出选择,在选择中逐渐成长,元星那浑浊的未来也因此而发生改变。
故事发生在从10年前发生了的“同时多发无气力症”的灾难中恢复的未来型新兴城市"绫风市"。相隔10年之久,高中生神乡慎与弟弟洵在绫风市遇到了担任绫风市警察署长的哥哥谅。 而这个时候,在绫风市正发生了各种各样的怪异事件。作为警察署长的神乡谅一直在追查着潜藏在这一连串怪异事件背后的神秘组织。而被卷入某件事件的神乡慎“persona”能力和形态觉醒过来。兄弟们的命运的齿轮现在开始转动……。