2035年的日本,某个研究计划发生了一场名为「大爆炸」的意外,失去控制的人工生命体「大麻烦」因而产生,占据了整个黑部峡谷。曾被誉为人类希望的研究重镇就此遭政府全面封锁。 两年后,在「大爆炸」中失去家人的15岁少女橘爱子,从转学生神崎雄哉得知令人难以置信的事实。她的体内隐藏着一个秘密,而一切谜题的解答就在「大爆炸」的中心地「原初点」。 少年与少女相遇,人类的命运掌握在两人手中,他们将揭晓什么样的崭新真相?
まだ幼かったあの日。 父はアネモネを残して戦いに赴き、そして帰ってこなかった。 アネモネの小さな胸に深く残る後悔。彼女の心を支えたのは、 ぬいぐるみのガリバーとAIコンシェルジュ・ドミニキッズ。 7年が経過し、アネモネは父が散った戦場――東京にいた。 アネモネは実験部隊アシッドが実行する作戦の要として、 人類の敵「7番目のエウレカ=エウレカセブン」と戦わなくてはならないのだ。 エウレカセブンにより追い詰められた人類は、もはやアネモネに希望を託すしかなかった。 そしてアネモネは、エウレカセブンの内部へとダイブする――。