死神武器职人专门学院,简称“死武专”,学院里的学生分为“工匠”和“武器”,他们的目的是收集“99个偏离人类轨道形成‘鬼神之卵’的灵魂”和“1个魔女的灵魂”,当“武器”吞噬这100个灵魂后就能升级成为死神专用武器 Death Scythe,而这一切都是为了防止“鬼神”的重新出现……
在黑暗被封印的两年后,世界免于被灭亡的危机,但是战火却依然不停,打算统治世界的洛基带领蔷薇十字军团与反抗军勒加拉斯亲卫队持续斗争着。 修与布凯也一起以勒加拉斯亲卫队的一员在战斗著,有一天,知道影使者事情的谜之少年萊爾出现而且他正被一只红龙攻击著。因为萊爾的力量让修的蓝龙复活 并且击退它。 之后,修住的地方出现叫作米哈艾爾的红龙,并且像是在做什么测试般地开始对修展开攻击。 同时,洛基的根据地也出现叫作露妲的人,她让洛基的奥丁复活之后就毁坏洛基的首都。 他们把自己称为“高等生命体”并且引起各种事件,修他们在知道世界开始展开异变后,决定要展开找回过去同伴的旅行。
以武藤游戏所在时代数十年后的童实野市为舞台。那时的童实野市被称为“新童实野市”,是一个根据身份高低分为上层地带和下层地带的阶级社会,流行着使用被称为“D轮(D Wheel)”的摩托车型决斗盘决斗的“骑乘决斗(Riding Duel)”。 不动游星在新童实野市的下层地带“卫星(Satellite)”中与同伴们一起生活着。因被对手——骑乘决斗的KING“杰克·阿特拉斯”抢走了自己最重要的卡“星尘龙(Stardust Dragon)”,为了把它夺回,游星逃出了卫星。
经过243年的沉睡,冥王哈迪斯在解开雅典娜的封印后复活。他的108名部下——冥斗士与雅典娜的圣斗士们的圣战,从圣域延续至冥界,现在又即将转移到新的战场……。 雅典娜追随哈迪斯,消失在地狱的尽头——“叹息之墙”之后。十二位黄金圣斗士以生命为代价,打开了通往雅典娜所在之地——极乐净土的通道。而留下的星矢等青铜圣斗士,凭借雅典娜的鲜血赋予他们的圣衣之力,向最后的决战之地——极乐净土前进。 唯有神明才能踏入的无限之野,极乐净土……在这片静寂的土地上,等待星矢一行的,是死亡之神塔纳托斯和睡眠之神修普诺斯。在他们强大的力量面前,星矢一行几乎陷入绝望。而就在此时,圣衣引发了奇迹! 为了拯救雅典娜,并将雅典娜的圣衣交还给她,星矢一行决心阻止哈迪斯的计划——那将给大地带来永恒黑暗的“伟大的日食”。怀着各种复杂的情感,星矢等人的最终一战,即将展开。 243年の時を経て、アテナによる封印を解き復活を遂げた冥王=ハーデス。その108人の部下=冥闘士(スペクター)とアテナの聖闘士たちとの聖戦は、サンクチュアリから冥界へ、そして今、新たなる舞台へと移ろうとしていた…。 アテナはハーデスを追い、地獄の最終地「嘆きの壁」の先へ消えた。12人の黄金聖闘士たちは自らの命を賭して、アテナが向かったエリシオンへの突破口を開いた。残された星矢たち青銅聖闘士は、アテナの血によって守られた聖衣の力を得て最後の決戦の地「エリシオン」の地へと向かう。 神だけが踏み込むことを許される無限の野、エリシオン…。 その静寂の地で星矢たちを待ち受ける、死の神タナトスと眠りの神ヒュプノス。圧倒的な力の前に屈するかに思えたその時、星矢たちの聖衣に奇跡が起きる! アテナを救い出し、ハーデスに立ち向かうアテナの聖衣を渡すため…そしてハーデスを倒し、地上に永遠の闇をもたらそうとする「グレイテスト・エクリプス」を食い止めるため。 様々な思いを胸に、星矢たちの最後の戦いが今、はじまる。