Daolon Wong and the Enforcers have been taken into custody and incarcerated. Planning to escape Wong attempts to summon the Shadowkhan. Instead he unleashes an ancient evil known as Tarakudo, Lord of all Oni and King of the Shadowkhan. Jackie and crew find out that the masks have been scattered across the globe and that each mask contains the power to control a different tribe of Shadowkhan as well as a different ingredient to remove and subdue the mask.
侥幸逃脱的滨户良的宠物鼠斯普林特意外的与另外四只乌龟在纽约下水道沾染上了由阿特姆所制作的变异液体,变成了接近人形的变异生物,也就诞生了新一代的忍者神龟,斯普林特开始训练这些乌龟们滨户良留下的忍者功夫和知识,希望有朝一日能为自己的主人复仇。2003年的某一天,已经长大并初露锋芒的忍者神龟们终于遇到了他们的宿敌,施莱德试图拉拢神龟之一的李奥纳多为自己服务,但是惨遭失败,露出邪恶本性的阿特姆施莱德与神龟们开始了第一战,最后在斯普林特出手帮助下众人合力将其击退。过了一段日子,施莱德展开了复仇,并将李奥打成重伤,在朋友帮助下逃过,休养生息后神龟们返回纽约与施莱德展开第二次较量,最终施莱德被李奥用腾古之剑砍下脑袋,但是我们知道这只是他的机器外壳,而神龟们的代价则是失去了他们的父亲:斯普林特的踪迹……为了寻找失踪的父亲,神龟们结识了阿特姆流亡者一族并且了解了他们的历史,但是就在这时,施莱德再度出现了,一番大战后,施莱德露出了他的真面目,眼见阿特姆一族利用传送门逃离地球,千年的复仇计划毁于一旦,施莱德气急败坏的要与神龟们同归于尽,而最终神龟们利用传送门逃生,施莱德则在一片爆炸声中消失了踪迹……