故事的主人公藤原拓海是个普通的高中男生,拥有无与伦比的飞车天赋。从中一开始,每天早上驾驶那辆AE86在秋名山上飞驰,练成了华丽(注意:是华丽)的驾驶技术。必须注意,他的车技之所以高明,是有赖于每天凌晨必须将父亲做的豆腐送到秋名山山顶的饭店。无论刮风、下雨、下雪,五年间车技竟然突飞猛进。黑白颜色的AE86是一辆只有130匹马力的日本“国宝级”旧款跑车,但凭着藤原拓海超凡的技术和天分,先后击败同样是天才少年Red Sun车队的高桥启介;驾驶令人望而生畏的黑色R32的中里毅;采用死亡胶布赛(用胶布粘绑住右手,使方向盘无法扭到空手时的最大限度)战胜了NightKids的第二把交椅;更在秋名山的山道中击败Red Sun第一把交椅,驾驶着代表高贵的FC3S的高桥凉介。当然,拓海的成长不止这些,“他的技术就像艺术一样”,我们最熟悉的就是AE86那华丽的甩尾(汽车用语。指车疾速行驶时疾速拐弯,车轮横向滑动的状态。)以及排水道跑法。秋名山下坡最快的AE86神话正式开始。
《头文字D》的第二部着重突出拓海的成长,当然不乏激烈的挑战。最经典的要数赤诚和依吕波山路两位老大的比拼。年轻的拓海在爱情上触了礁,在输给帝王车队的lanEvo 3后,拓海遇到了人生的挫折,对自己和AE86产生了怀疑,AE86真的有足够的实力吗?AE86的重生来自拓海的爸爸文太,他为AE86改装了车用引擎。同时,拓海遇到了同样是AE86的强劲对手秋山涉。有意思的是比赛规则是在同一赛道两车来回追赶,直到其中之一能超越对方为止,既要技术又考耐力。胜利让拓海继续接受这辆AE86和重拾信心回到车手的生涯。
平成元年四月,辽西中学学生日高秋亚人与对手(同时也是其好友)黑木凯争夺日本武道大赛冠军。比赛正进行到白热化时,二人被一阵白光包围并消失。 秋亚人醒来后,发现自己来到一片完全陌生的世界——天空界。时破坏神湿华蠢蠢欲动,为保护祥和安宁的天空界,调和神惠明大师将一平和阿凯召来,转生“修罗王”和“夜叉王”,集齐勇猛正直的八部众。但转生过程里,阿凯被湿婆迷惑,性情大变,成为天界的敌人。 天界总司令因陀罗伺机将毗湿奴石化,龙王良马、迦楼罗王利加、天王乔加、修罗王一平得知真相逃出,随后与同为八部众的闼婆王高也、紧那罗王莲伽、摩呼罗迦王阿达、夜叉王阿凯展开连番厮杀。八部众的内斗,无意中掉入破坏神的陷阱里。