2010年,超级大国“布里塔尼亚帝国”(Britannia)为了夺取日本的地下资源而侵略日本,在布里塔尼亚帝国强大的兵器Knightmare进攻下,日本在不到一个月的时间内被征服。日本被剥夺了自由、权利甚至是国家的名字,布里塔尼亚帝国将“日本”改称为“11区”,“日本人”这名词则被11这数字所取代。表面上看来布里塔尼亚帝国的统治似乎牢不可破,但其中早已出现了裂痕。 七年后的2017年,在生死边缘获得“Geass”的力量,立志要粉碎布里塔尼亚帝国的黑色皇子鲁路修,以及获得第七世代人型机甲兰斯洛特,立志从帝国内部进行改革的白色骑士枢木朱雀,影响了整个世界。
故事发生在『苍穹之法芙娜』的一年前,不断隐匿自己从而躲避人类军和Festum追击的龙宫岛,即将遇上被Festum发现的危机。 尚未做好战斗准备的龙宫岛,为了回避被Festum发现的危机决定实施「L计划」。那是将岛的一部分、亚尔维斯的左翼部分作为L舰分离并开展为期2个月的远航,让敌人误以为这是龙宫岛,从而保护本岛。 就这样,将陵僚与生驹祐未等8名少年少女,乘上L舰,并驾驶着对Festum兵器FAFNER「Titan-model」投身于与Festum的残酷战斗中……