本作は4月14日に封切られる劇場版「名探偵コナン 黒鉄の魚影(サブマリン)」のキーパーソンとなる灰原哀に焦点を当てた作品。テレビシリーズの人気エピソード「漆黒の特急(ミステリートレイン)」を軸に、その他のエピソードから重要シーンを抜き出して再構成された。黒ずくめの組織で毒薬を開発していた過去、同じ運命を背負ったコナンとの出会い、姉である宮野明美との思い出、現在の灰原と黒ずくめの組織の関係など、「黒鉄の魚影」を観る前に振り返っておきたいエピソードを堪能できる。本編の最後には、本作でしか観ることができない「黒鉄の魚影」に続く新規映像も。
人気アニメ「名探偵コナン」のテレビシリーズ特別総集編。劇場版第24作「名探偵コナン 緋色の弾丸」(2021年4月16日公開)でキーパーソンとなる赤井一家について、これまで断片的に明らかになっている彼らの正体や謎に焦点を当てる。FBI捜査官で狙撃の名手・赤井秀一、一家の末妹で女子高生探偵の世良真純、赤井の弟で7冠を達成したプロ棋士・羽田秀吉、「領域外の妹」と名乗る少女で正体は一家の母メアリー。来葉峠で死亡したと思われていた赤井秀一を中心に、それぞれのキャラクターのパーソナリティや見どころをテレビアニメシリーズからクローズアップし、その関係性をひも解く。また、赤井秀一の宿敵であり「名探偵コナン」人気キャラクターの安室透/バーボンも登場する。劇場上映用に江戸川コナンによるナレーションを新規収録し、音響も新たに編集しなおされているほか、新規映像「赤井秀一からのシークレットメッセージ」や「緋色の弾丸」最新予告編も上映される。
『名探偵コナン SECRET FILE Vol.3』に収録。
主角工藤新一原本是一位颇具名声的高中生侦探,在目击黑暗组织的地下交易后,正准备追踪时却被突袭击昏,并被灌下代号为“APTX4869”(アポトキシン4869)的不明药物。后来虽然幸免于死,但身体就此缩小为小学时期的模样。之后他化名为江户川柯南,在邻居阿笠博士的建议下,寄住在女友毛利兰的父亲—侦探毛利小五郎家中,继续秘密从事追查黑暗组织的工作,并私下探寻获得解药的管道,希望能够恢复原来新一的样貌。与此同时,柯南凭着自己的推理天份,配合阿笠博士为他发明的道具,帮助毛利小五郎成为出名的大侦探。故事内容当中穿插许多爱情、友情、犯罪、背叛、复仇等情节。