「ゴジラ」シリーズ初のアニメーション映画として製作された「GODZILLA」3部作の最終章。2万年をかけて進化した最大のゴジラ=ゴジラ・アースと、ゴジラから地球を取り戻すべく戦う人類の壮絶な戦いを描く。武装要塞都市「メカゴラシティ」を起動させてゴジラ・アースに挑んだハルオたちだったが、その過程でガルグやベルベらビサイルドたちと人間たちとの間に亀裂が生じる。また、ハルオはゴジラ・アースに勝てる唯一のチャンスを捨ててしまい、かつてない敗北感に襲われる。その一方で、エクシフの大司教メトフィエスは、ある秘めた目的のため信者を増やしていた。やがてゴジラ・アースに太刀打ちできるものがいなくなった地球に、金色の閃光をまとった「ギドラ」が降臨する。監督は、劇場版「名探偵コナン」シリーズの静野孔文と、「亜人」の瀬下寛之。脚本は「PSYCHO-PASS サイコパス」など数多くのヒット作を生み出している虚淵玄。
远离本土、漂浮在海洋中的“浦岛”。那里有让人错认为是天国的富裕的自然资源,以及有被复杂的过去和古老的习俗所束缚的人们生活着。 在这块被本土抛弃、被逐渐遗忘的土地上,居民们几乎不抱任何希望地在生活着。 突然某一天,一位自称“时间旅行者”的青年漂流到这座岛屿。除了“切那”这个名字和“某个使命”以外的记忆都丧失了的青年,与凛音、夏莲、纱罗这3位少女相遇了,并展开了改变岛的未来的行动。 围绕隐藏着古老的习俗与各种谜团的浦岛,青年和少女们的物语揭开了序幕。
ゴジラから地球を取り戻す戦いに挑むハルオと仲間たち。人類の生き残りフツアの民の助けを得て、かつて対ゴジラ兵器"メカゴジラ"を開発していた研究所へ向かう。