沙罗曼达男爵和路伽努站在埃菲尔铁塔之上,并且说他因为已经完全恢复力量所以一定会破坏世界,路伽努决定夺取男爵的红水晶然后逃走并背叛他,男爵逐派出史纳奇追赶他。与此同时蕾、树、百合与绘里香一家前往巴黎参加时装表演,蕾在迷路之际无意中遇到一名银发男孩(即路伽努)并且看见史纳奇正在追赶他,路伽努将蕾带至安全地方之后蕾继续跟踪他并且被指骂。此时沙罗曼达男爵突然出现并通过史纳奇强行召唤出他的心之花让沙漠异形现身,蕾与赶到的绘里香和树立即变身成为光之美少女拯救路伽努并决定保护他。虽然沙罗曼达男爵曾经说过“想不到在这个时代也会有Precure ”,不过电影后期百合变身月光天使的时候变身种子依然借由心之大树与心灵之壶的力量修复;同时百合向路伽努表示自己的爸爸好像在法国失踪,而且她已经超过三年没有见过他了(因此她告诫路伽努千万不要做出一些会令自己后悔的事情)。这代表时间上此次巴黎之旅发生在四位光之美少女发动撼心幻影镜的力量后与地球被杜恩变成沙漠之间。另外于TV版第45话也显示了巴黎街头的人群在逃跑加上地标凯旋门以及整个城市全部变成沙漠的画面。
故事的舞台是近未来。在世界范围内,因引起恐慌的杀人病毒的影响,人口数量急剧减少。食物全部变为人工物,人们亦极力回避物理接触,实体商店从街上消失,除了在共同体中心(即所谓的“学校”)内的接触外,人们的所有交流活动皆在网上进行。在这样的世界里,有一些少女正积极地与他人进行物理接触,她们就是故事的主人公。在她们的身边,正发生着一起以少女为目标的连续杀人案件,以此为契机,她们向被封锁的世界发起挑战。
故事的舞台是离今稍微远点的未来。 世界上正流行这一种感染后在60天之内就会石化,死亡率高达100%的奇病“美杜莎”。为了在未来寻求这种在全世界爆发的不治之症的治疗方法,于是决定将Cold sleep(冷冻睡眠,简称CS,是指将人体保存在低温状态让人保持沉睡的状态,防止人的身体随着时间老化的一种方法。多见于SF作品之中。)投入实用了。少女霞从众多的人中脱颖而出成为了世界上仅有的160个拥有CS资格的人。他们在苏格兰的古城中制造出来的Cold sleep capsule center(冷冻睡眠胶囊中心,简称CSCC,如字面上的意思进行冷冻睡眠的地方。)中进入了不知道何时才会醒来的长眠。霞想着肯定再也无法与和自己同样感染了“美杜莎”却没有被选上的双胞胎姐姐见面了,眼泪不禁的流落了下来。 但是寻求未来的长眠却被突然中断了。出现在觉醒后的霞面前的是已经面目全非的冷冻胶囊中心。宛如童话《睡美人》中的城堡一样,整个中心都被蔷薇覆盖着。但是现状却不那么美好,异形的怪物们袭击了过来,资格者们不断的死去。为什么会有怪物?那之后究竟过了多少年?几十年?几百年?外界的情况又怎么样了呢?美杜莎的治疗方法呢?在所有情报都被遮断的极限状况下,为了生存下去霞等7个资格者开始逃离中心了。
剧场版「魔法少女奈叶 The MOVIE 1st」是动画第一季「魔法少女奈叶」的升级强化版。将TV系列第1季全13话的映像进行组合,制作成超过100分钟的新映像作品,所以并不是通常所说的总集篇。故事既将忠实的跟随着第一季的线路,又会加入各种的展开(包括小说,DRAMA CD,续篇的附加设定)。对于看过TV系列的人来说,是触及对之后各种各样的事件而成长的,不知不觉成为引导新时代的两个少女,高町奈叶和菲特泰斯特罗莎的相遇和开端的故事;而对于第一次接触剧场的人来说这是个被命运翻弄的二个少女的相遇,战斗和友情的故事。满载SF风味的魔法战斗的视觉享受和直接的故事,以剧场版才有的质量展开。