世代を経るごとに深く混ざりあった“個性”が人類史を終焉に導くとする思想≪個性終末論≫を掲げ、“個性”を「病」と称しながら、世界中の“個性”保持者の殲滅を目論む謎の集団・ヒューマライズ。 彼らが世界各国に仕掛けた、“個性”を強制的に暴走させ崩壊に導く爆弾<個性因子誘発爆弾イディオトリガーボム>から人々を救うため、全世界のプロヒーローと、その下でインターン中だった雄英高校ヒーロー科が招集され、世界選抜ヒーローチームが結成。各地で爆弾の回収任務にあたっていた。 エンデヴァー事務所でインターン中だった出久・爆豪・轟の3人も、日本から遠く離れた国<オセオン>で作戦行動中、とある事件に巻き込まれた出久が、なんと全国指名手配されてしまう。そんな中、ヒューマライズからの犯行声明が全世界に届く―― 「タイムリミットは今から2時間」 ヒロアカ史上最大の危機を前に、世界の、そしてヒーロー達の未来が、“彼ら”に託された――
〈憤怒の罪〉 ドラゴン・シンメリオダス率いる史上最凶最悪の逆賊〈七つの大罪〉の活躍により、人間、女神族、妖精族、巨人族ら四種族が魔神族と争った『聖戦』は終結。 〈傲慢の罪〉 ライオン・シンエスカノールの命が尽きるも、魔神王を討ち果たし、世界は平和を取り戻した。その後、新たな王国の創造を目指す王・アーサーと行動を共にする 〈暴食の罪〉 ボア・シンマーリンをはじめ、大罪人たちはそれぞれの道を歩んでいた―。 メリオダスは王女・エリザベスと思い出の地を巡る旅をしていた。その道中、弟・ゼルドリスと偶然の再会を果たす。一方、 〈怠惰の罪〉 グリズリー・シンキングと 〈嫉妬の罪〉 サーペント・シンディアンヌの結婚式が執り行われようとしていた。祝福に包まれる式場には、 〈強欲の罪〉 フォックス・シンバンと 〈色欲の罪〉 ゴート・シンゴウセルの姿も。ドレスに身を包んだディアンヌの登場で華やぐ森に、地鳴りのような不気味な音が響き始めた。 “『聖戦』を台無しにした〈七つの大罪〉とそれに 与 くみした者共を罰する” 平穏が訪れたはずの地に突如、妖精族と巨人族の軍勢が押し寄せる。敵陣の先頭に立つのは、かつて姿を消した“二代目妖精王”ダリアと“巨人の名工”ダブズ。異様な目つきの侵略者たちの目的は一体…? 世の混沌を望む者により崩されていく日常。全種族を脅かす恐るべき陰謀が交錯する。光と闇の戦いの果てに待ち受ける未来は?!呪われた世界は真の平和を手にすることができるのか。壊れゆく世界の運命は、再び集結した〈七つの大罪〉に託された―。
地球滅亡までのカウントダウンが迫る中、かつての盟友である銀時、高杉、桂は、それぞれの思いを胸に奔走する。そんな銀時たちの前に立ちはだかったのは、幼少時代の彼らを教え導いた師匠・吉田松陽の別人格である虚(うつろ)だった。銀時たちを援護するべく、新八と神楽、さらには真選組やかぶき町の面々、かつてのライバルたちも立ち上がる。